1990年,台湾艺校大学二年级的吴倩莲参演首部电影,与刘德华主演《天若有情》,获得第10届香港电影金像奖最佳新演员提名。1993年,与郭富城主演《天若有情Ⅱ之天长地久》。吴倩莲1994年1月,推出首张个人专辑《天下浪子不独你一人》,夺得十大中文金曲最有前途新人金奖,叱吒乐坛生力军女歌手铜奖；主演李安执导的电影《饮食男女》。1996年,与张国荣联袂主演电影《夜半歌声》,荣获第3届中国长春电影节最佳女主角；同年,与周润发主演电影《和平饭店》；与刘德华再次合作,主演《天若有情Ⅲ烽火佳人》1998年,与任贤齐合作,主演中国台湾台视拍摄的电视剧《神雕侠侣》,吴倩莲饰演小龙女一角；同年,与黎明主演许鞍华执导的电影《半生缘》,获得第17届香港电影金像奖最佳女主角提名,荣获第4届香港电影评论学会大奖最佳女主角。2000年,与李亚鹏主演的中国内地电视剧《京港爱情线》在北京电视台第一套节目的黄金档播出,吴倩莲在剧中饰演方明一角。2002年吴倩莲出任自己网站的CEO。2005年,在电视剧《阮玲玉》中出演阮玲玉一角。2005年,在胡军主演的电视剧《楚汉风云》中饰演吕雉一角。2006年,在历史电视剧中《北魏冯太后》出演第一女主角,饰演16岁到49岁的冯太后。2013年1月,参演的电视剧《唐朝浪漫英雄》播出,饰演叶塘莲一角。吴倩莲1998《新神雕侠侣》剧照2005《大汉风之鸿门宴》剧照影视作品
2007年,39岁生日的吴倩莲与拍拖3年的男友在美国拉斯维加斯注册结婚,结婚2年后,41岁的吴倩莲生下儿子。
吴倩莲不算美女,但胜在清新；1998年,吴倩莲在台湾台视拍摄的《神雕侠侣》中饰演小龙女,因为吴倩莲版的小龙女从皮肤到衣着都黑,因而打破了小龙女在书迷和影迷心中的一贯形象；吴倩莲虽然不是美若天仙,但气质清冷是所有小龙女里看起来最遗世独立的。